金黃色葡萄球菌噬菌體vB_SauH_IME522的分離鑒定及全基因組分析
關鍵詞：金黃色葡萄球菌 噬菌體 生物學特性 基因組分析
摘要：目的從醫院污水中分離到一株金黃色葡萄球菌噬菌體vB_SauH_IME522,對其進行分離鑒定、測序及進化和基因組學的分析。方法以一株從臨床分離到的多重耐藥的金黃色葡萄球菌為宿主菌分離噬菌體,應用雙層瓊脂平板法進行噬菌體最佳感染復數(optimal MOI)、一步生長曲線(one-step growth curve)實驗,使用蔗糖密度梯度離心純化病毒,并通過透射電鏡觀察噬菌體形態;應用SDS/蛋白酶裂解方案提取噬菌體全基因組,使用Illumina Miseq測序平臺進行噬菌體全基因組測序,測序后對噬菌體全基因組序列進行組裝、注釋、進化和比較基因組學分析。結果分離到一株金黃色葡萄球菌噬菌體,命名為vB_SauH_IME522;其最佳感染復數為0.01,一步生長曲線結果顯示,其感染宿主菌的潛伏期約為20 min,裂解期約為200 min,平均裂解量89 PFU/cell;電鏡觀察該噬菌體,噬菌體vB_SauH_IME522具有典型的二十面體結構和收縮的尾部,其頭部直徑為(70±1)nm,尾部長度為(135±2)nm。基因組測序結果表明,噬菌體基因組全長為140 246 bp,G+C含量為30.2%。基因組注釋顯示噬菌體vB_SauH_IME522含有223個蛋白編碼基因、164個啟動子、66個終止子、4個tRNAs及7個耐藥相關位點。其中52個基因的編碼產物有預測的功能,其余基因的編碼產物均為功能未知的推定蛋白。系統發生分析表明,該噬菌體屬于Twortvirinae亞科的Kayvirus屬。結論烈性噬菌體vB_SauH_IME522為Twortvirinae亞科的新成員,具有較強的裂解能力和短的潛伏期。
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