OrchidBase 3.0:一個蘭花基因功能和基因組進化研究的數據庫
蔡文杰; 付志雄; 蕭郁蕓; 吳宛霖; 章迪楊; 蘭思仁; 劉仲健; 陳虹樺 臺灣成功大學熱帶植物研究所; 臺灣臺南701; 臺灣成功大學蘭花研究與發展中心; 臺灣臺南701; 臺灣成功大學生命科學學院; 臺灣臺南701; 福建農林大學蘭科植物保護與利用國家林業與草原局重點實驗室; 福建福州350002; 福建農林大學園林學院; 福建福州350002
關鍵詞：蘭花 orchidbase 轉錄組 全基因組 小蘭嶼蝴蝶蘭
摘要：蘭科為被子植物的最大科,蘭科植物是經濟價值非常高的世界性觀賞植物,其基因組學和轉錄組學數據可為進一步推動蘭花育種和研究提供幫助.本研究團隊在建立的OrchidBase1.0、2.0數據庫的基礎上,利用小蘭嶼蝴蝶蘭的全基因組數據建立了基于網頁版的OrchidBase3.0數據庫.OrchidBase3.0數據庫包含了小蘭嶼蝴蝶蘭基因組拼接支架序列的信息以及基因注釋、基因定位、基因結構、KEGG途徑和BLAST搜索等內容;此外,該數據庫也提供了小蘭嶼蝴蝶蘭的基因序列和每千堿基讀數每百萬映射讀數(RPKM).OrchidBase3.0數據庫的在線資源可以通過網頁瀏覽、文本和BLAST搜索獲取,搜索結果會顯示在網站上并可供下載,用戶可通過該數據庫下載小蘭嶼蝴蝶蘭的基因組拼接支架序列及預測的基因和蛋白質序列.orchidbase.itps.ncku.edu.tw為OrchidBase3.0數據庫的免費網站鏈接.
福建農林大學學報·自然科學版雜志要求:
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