水稻OsHDT703基因的可變剪接體分析
鄒志明; 鄒海霞; 張煥; 李紹波; 王鑫; 歐陽解秀 南昌大學生命科學學院; 江西南昌330031
關鍵詞：水稻 hd2蛋白家族 可變剪接 生物信息學
摘要：為了克隆水稻HD2蛋白基因OsHDT703,并分析其存在的可變剪接體。利用生物信息學分析,結合RT-PCR、TA克隆和測序等方法,鑒定1個水稻中全新的HD2蛋白成員(OsHDT703)。結構域分析發現,在其N端含有HD2家族的NPL保守結構域。選取來源于7個物種的16個HD2蛋白,構建蛋白進化樹,結果發現,OsHDT703蛋白與OsHDT702蛋白處于同一分支;OsHDT701則處于另一分支,說明水稻中HD2家族蛋白可能存在功能分化。根據預測的不同剪接體設計4對特異性引物,以粳稻中花11葉片和幼穗cDNA為模板,利用RT-PCR擴增,結合TA克隆,通過測序比對,成功鑒定到4種不同可變剪接體序列。由于3號(OsHDT703.3)和4號(OsHDT703.4)剪接體的CDS序列完全相同,所以證明OsHDT703至少存在4種不同可變剪接體。綜上所述,鑒定到水稻中1個全新的HD2蛋白,命名為OsHDT703,并且鑒定出至少4種存在可變剪接體,為后續深入研究該基因生物學功能奠定基礎。
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