松材線蟲Bx-ubc-3基因克隆及泛素通路鑒定
關(guān)鍵詞：松材線蟲 泛素結(jié)合酶3 e2 泛素途徑
摘要：泛素途徑可以調(diào)節(jié)許多關(guān)鍵的細胞功能。為探究松材線蟲中是否存在泛素途徑以及泛素途徑中的關(guān)鍵酶基因—泛素結(jié)合酶基因ubc3,構(gòu)建松材線蟲cDNA文庫,并進行測序、ORF分析、同源性分析、系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建、蛋白相互作用預(yù)測和分子動力學模擬等工作。克隆到長度為957bp的Bx-ubc-3基因片段。隨后的序列分析表明,其開放閱讀框長度為738bp,編碼245個氨基酸;氨基6酸同源性分析結(jié)果表明,Bx-UBC-3與已知的泛素結(jié)合酶高度同源;蛋白互作和分子對接分析及分子動力學模擬結(jié)果表明,Bx-UBC-3的結(jié)合位點位于一個α螺旋、一個Loop1(L1)環(huán)與一個Loop2(L2)環(huán);形成硫酯的Cys103位于L2上,構(gòu)成催化裂隙;Bx-UBC-3和Bx-Rbx1之間以及Bx-UBC-3和Bx-泛素之間形成氫鍵。這些結(jié)果表明松材線蟲中存在一條理論泛素通路,其中的關(guān)鍵酶Bx-UBC-3是開發(fā)高效抗線蟲生物藥劑的潛在靶標。
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