中國(guó)大陸地區(qū)H9亞型禽流感病毒時(shí)空進(jìn)化分析
關(guān)鍵詞：h9亞型禽流感 中國(guó)大陸地區(qū) 進(jìn)化分析
摘要：目的從分子水平研究中國(guó)大陸地區(qū)H9亞型禽流感病毒的起源、進(jìn)化和地理擴(kuò)散情況,為禽流感的防控提供科學(xué)依據(jù)。方法從全球公共流感病毒數(shù)據(jù)庫(kù)收集中國(guó)大陸地區(qū)的H9亞型禽流感病毒HA基因序列,通過對(duì)下載的序列進(jìn)行比對(duì)和聚類篩選,得到1997—2018年180株含有準(zhǔn)確采樣信息的序列,使用BEAST等生物信息學(xué)軟件分析病毒選擇壓力、構(gòu)建貝葉斯法時(shí)間進(jìn)化樹以及重建病毒進(jìn)化時(shí)空動(dòng)態(tài)。結(jié)果序列的核苷酸差異在0.2%~20.7%之間,氨基酸的差異在0.0%~15.8%之間。編碼區(qū)的核苷酸替代率分別為:0.540、0.607和1.853。非同義突變率與同義突變率的比值的平均值為0.1789,但是在7個(gè)位點(diǎn)上比值大于1。HA基因的平均進(jìn)化替代率為2.476×10^-3替換/位點(diǎn)/年,最早的公共祖先出現(xiàn)在1947.457年。構(gòu)建的基因進(jìn)化樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)分為多個(gè)分支,根節(jié)點(diǎn)最有可能的位置是廣東省,后驗(yàn)概率為21.7%。基于目前數(shù)據(jù)的時(shí)空動(dòng)態(tài)分析顯示,1959—2018年間病毒從廣東傳播到安徽,再到廣西、江蘇,再以江蘇為中心向周邊多個(gè)省份傳播,最后在多個(gè)省份之間出現(xiàn)傳播。其中江蘇傳出的6條路徑具有統(tǒng)計(jì)學(xué)支持。結(jié)論H9亞型禽流感病毒出現(xiàn)的時(shí)間可能比國(guó)內(nèi)最早報(bào)導(dǎo)的早很多,在中國(guó)多個(gè)省份之間傳播擴(kuò)散情況復(fù)雜,江蘇省是傳播擴(kuò)散的一個(gè)重要中心。
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