基于高通量芯片和生物信息學篩選系統(tǒng)性紅斑狼瘡核心基因及通路
關鍵詞：系統(tǒng)性紅斑狼瘡 生物信息學 差異表達基因 核心基因
摘要：目的通過生物信息學方法探究系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者的外周血細胞差異表達基因及相關信號通路,尋找潛在的SLE特異性分子標志物。方法利用GEO數(shù)據(jù)庫旗下的GEO2R分析工具分析基因芯片GSE65391并篩選差異基因(differentially expressed genes,DEGs),利用DAVID數(shù)據(jù)庫分析DEGs獲得其GO富集分析和KEGG信號通路分析的結果。利用STRING數(shù)據(jù)庫構建蛋白互作網絡,再將結果導入Cytoscape軟件中篩選核心基因并繪制蛋白互作網絡圖。結果篩選獲得了47個差異基因,其中表達上調的基因46個,表達下調的基因1個。GO富集分析表明DEGs主要參與了病毒防御反應過程、I型干擾素信號通路和病毒基因組復制的負調控等生物學過程。KEGG信號通路富集分析主要包括了甲型流感病毒感染、麻疹病毒感染和EB皰疹病毒感染等信號通路。篩選獲得了3個核心基因為IFI44L、IFIT3和RSAD2。結論通過生物信息學分析獲得SLE的DEGs、核心基因、生物學過程和信號通路等信息,為探究SLE的發(fā)病機制、發(fā)現(xiàn)診斷標志物和探索藥物治療靶點提供理論依據(jù)與新的方向。
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