以TMV為模式建立基于宏基因組學的植物病毒檢測方法
劉悅; 孔寶華; 王連春; 王崇德; 吳德喜; 謝瓊; 甘曉帆 云南農業(yè)大學植物保護學院; 省部共建云南生物資源保護與利用國家重點實驗室; 云南昆明650201; 玉溪師范學院資源環(huán)境學院; 云南玉溪653100
關鍵詞：宏基因組學 植物病毒 tmv 雙鏈rna 病毒類似顆粒
摘要：用感染煙草花葉病毒（TMV）的煙株做陽性對照，提取dsRNA，采用隨機引物擴增、高通量測序方法進行了序列分析。PCR產物宏基因組測序結果顯示：TMV的檢出頻率為99．84％；屬水平分類和豐度統(tǒng)計結果顯示：，Ib．bamovirus占99．913％，成功建立了以植物病毒dsRNA提取與高通量測序相結合的植物病毒探測方法。按照病毒類似顆粒提取的方法對感染TMV的煙株提取病毒類似顆粒，獲得TMV病毒粒子，從中提取RNA，應用TMV特異引物，進行RT—PCR，結果顯示：擴增產物序列與TMA序列同源性為99％。結果表明：用該病毒類似顆粒抽提方法能成功提取TMV病毒粒子及RNA，滿足宏基因組分析要求。應用本研究構建的dsRNA及病毒類似顆粒的方法，提取20個表現(xiàn)植物病毒病癥狀的植物樣本dsRNA與病毒類似顆粒的DNA，核酸檢測質量較好，成功檢測到10多種植物病毒。所構建的方法為宏基因組技術探測農業(yè)栽培區(qū)及非耕作區(qū)植物病毒種群與生態(tài)適應奠定了基礎。
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