泌尿系統腫瘤長鏈非編碼RNA UCA1的生物信息學分析
關鍵詞：泌尿系統腫瘤 膀胱癌 長鏈非編碼rna uca1 生物信息學
摘要：目的 分析長鏈非編碼RNA (lncRNA) UCA1在泌尿系統腫瘤中的表達及其對腫瘤患者的意義,并對UCA1的下游靶基因預測, 為UCA1在泌尿系統腫瘤中的功能研究提供生物信息學數據.方法 利用UALCAN數據庫分析人膀胱癌 ( bladder carcinoma, BC) 中UCA1的差異表達, 并對UCA1進行生存分析;利用RegRNA2. 0和HMDD預測UCA1調控的膀胱癌的microRNAs;通過Real-time PCR實驗驗證篩選出的靶基因;利用TargetScan、 StarBase和miRDB平臺軟件預測microRNAs下游的靶基因;采用FunRich平臺對預測的靶基因進行Gene Ontology (GO) 分析、 KEGG信號通路及轉錄因子富集分析.結果 通過分析UAL-CAN數據庫發現, UCA1在膀胱癌表達量相比正常膀胱組織有明顯升高, 在腎透明細胞癌 ( KIRC) 中的表達量和正常腎組織無顯著差別, 而在乳頭狀腎細胞癌 ( KIRP) 中UCA1 的表達相比正常反而降低.隨著UCA1的表達升高患者總生存期下降, 病理分級越高UCA1的表達量越高, 男性中的UCA1表達量明顯高于女性. RegRNA軟件和HMDD v3. 0數據庫預測, 發現hsa-miR-1182和hsa-miR-203-3p與膀胱癌中UCA1呈正相關.經Real-time PCR驗證篩選 UCA1 與 hsa-miR-203-3p 表達趨勢一致.在生物學功能研究過程中, hsa-miR-203-3p的靶基因在堿基、核苷、核苷酸及核酸代謝及基因轉錄等過程中發揮重要的調節功能.對KEGG信號通路分析中, microRNA靶基因主要富集在LKB1信號通路調控過程.對hsa-miR-203a-3p靶基因調節的轉錄因子分析, 發現主要集中在POU2 F1和EGR1兩個轉錄因子.結論 UCA1在膀胱腫瘤中高表達, 有望成為腫瘤診斷和治療的潛在分子標志物.通過生物信息學方法對UCA1的靶基因預測, 可為深入研究UCA1調控BC的作用機制提供更全面的研究線索.
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