TCGA數據庫中不同種族肝細胞癌相關lncRNAs的篩選及功能預測
關鍵詞：肝細胞癌 長鏈非編碼rna tcga cerna 生存分析
摘要：目的lncRNAs在不同種族肝細胞癌中的表達異同目前并不明確。文中旨在分析TCGA數據庫中黃色人種、白色人種和黑色人種肝細胞癌共有和特有lncRNAs差異譜并預測其功能和調控機制。方法通過對黃色人種、白色人種和黑色人種的HCC患者的癌和癌旁組織進行差異分析得到各自的差異的lncRNAs,并比較3個人種差異lncRNAs基因譜情況,用韋恩圖找出3個人種共有的差異lncRNAs。并對篩選出的差異lncRNAs進行生存分析、ceRNA網絡構建和靶基因預測并對靶基因行GO、KEGG富集分析和轉錄因子預測,從而預測其調控機制。結果3個人種共有的肝細胞癌差異lncRNAs 49個,白色人種和黑色人種重疊基因21.5%,白色人種與黃色人種、黑色人種與黃色人種差異lncRNAs重疊率僅為7.8%和5.8%。3個人種共有的LINC01224可預測到靶基因,行GO富集分析顯示,其功能和DNA復制、轉位、基因表達調控、表觀遺傳、miRNAs基因沉默及RNA轉錄后基因沉默等有關;KEGG分析顯示,LINC01224和細胞周期調控、DNA復制相關。白色人種生存相關的的11個lncRNAs基因中未預測到靶基因。黃色人種肝細胞癌生存相關的6個lncRNAs中,AC093609.1的靶基因通過GO富集后結果顯示,其功能和離子通道活性如鈣通道活性、被動跨膜轉運蛋白活性有關;KEGG結果顯示其參與心肌病、心肌細胞腎上腺素能等信號通路的調控;AC126118.1的靶基因通過GO富集后發現,其靶基因和多種代謝功能相關;KEGG結果也顯示其參與脂肪酸降解、ABC轉運蛋白、氨基酸代謝等信號通路。結論白色人種和黑色人種lncRNAs表達譜相似性較高,而黃色人種和白色人種、黑色人種差異較大,其中3個人種共有的LINC01224可能參與了調控腫瘤生長;黃色人種特有lncRNA(AC093609.1、AC126118.1)在腫瘤代謝等方面起了重要作用,為后續肝細胞癌的基因驗證實驗和功能研究奠定了基礎。
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