鼠疫耶爾森菌CAF-1基因的生物信息學分析及抗原表位預測
關鍵詞：鼠疫耶爾森菌 抗原表位 生物信息學
摘要：目的探討鼠疫耶爾森菌CAF-1基因的組成結構及生物學功能。方法運用ProtScale,TMHMM Server,Signal P 3.0 Server,NetPhos3.0 Server,SOPMA,Swiss-mode和DNAStar等生物信息學軟件分析鼠疫耶爾森菌CAF-1基因的氨基酸序列組成、理化性質、親疏水性、信號肽、磷酸化位點、糖基化位點、二、三級結構和B、T細胞抗原表位等。結果 CAF-1是由170個氨基酸構成的富含蘇氨酸的穩定親水蛋白,相對分子質量為17.7×10~3,理論等電點為4.83,不含跨膜區且磷酸化程度較高。二級結構中β轉角和無規則卷曲為主要結構原件,分別占41.18%和32.35%。同源建模顯示,GMQE和QMEAN評估分值分別為0.90和0.76。抗原表位預測顯示,該蛋白含有多個B細胞優勢抗原表位和7個優勢CTL表位。結論生物信息學預測CAF-1基因編碼蛋白為穩定分泌蛋白和外膜蛋白,含有較多的B、T細胞抗原表位,具有較好的抗原性,可作為新型疫苗的潛在候選基因。
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