幽門螺桿菌ddlA基因的克隆及生物信息學分析
關鍵詞：幽門螺桿菌 基因克隆 生物信息學
摘要：目的克隆幽門螺桿菌(Helicobacter pylori,Hp)D-丙氨酸-D-丙氨酸連接酶A(D-alanine-D-alanine ligase A, DdlA)基因ddlA編碼區,并對其進行測序和生物信息學分析。方法以MEL-Hp27菌株基因組DNA為模版,PCR擴增ddlA基因編碼區;將ddlA基因與真核表達載體pcDNA3.1(+)連接,構建重組表達載體;測序獲得ddlA基因序列,利用生物信息學軟件對編碼DdlA蛋白的理化性質、結構特點進行分析。結果 MEL-Hp27 ddlA基因的編碼區長為1 044 bp,編碼347個氨基酸;編碼的DdlA蛋白是一種性質穩定的親水蛋白,相對分子質量為39.61×10~3,屬于D-ala-D-ala連接酶N端家族;DdlA蛋白無跨膜區和信號肽,具有磷酸化位點和O-糖基化位點;二級結構中α-螺旋占36.02%,無規卷曲Cc占42.36%,延伸鏈Ee占18.73%,β-轉角Tt占2.88%。DdlA蛋白含有7個B淋巴細胞和15個CTL細胞相關抗原表位。結論成功克隆了Hp27 ddlA基因,構建了該基因的真核表達載體,表達的DdlA蛋白含有B、T淋巴細胞抗原表位,為研究Hp DdlA蛋白基因在Hp感染致病及防治中的作用提供了理論依據。
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