基于貢獻度排序的腎透明細胞癌串擾通路分析
關鍵詞：通路串擾 貢獻度 差異表達基因 腎透明細胞癌
摘要：基于基因信號傳導通路理解生物過程,已成為探索疾病致病機理的重要手段。通常采用單一通路中差異表達基因數量的方法來衡量通路對疾病發生和后續發展的影響,而忽略基因間的相互擾動影響及通路間的串擾關系。因此,提出一種基于通路貢獻度排序的串擾分析方法,以分析通路間的相互串擾在腎透明細胞癌(KIRC)致病機理中的影響。首先,利用信號通路影響分析(SPIA)方法對KIRC相關的通路進行貢獻度排序;其次,結合距離相關性(DC)算法,分別計算在患病樣本和健康樣本中高貢獻度信號通路之間的串擾值;最后,計算患病樣本和健康樣本通路串擾差值,篩選出串擾變化值高于0.1的串擾通路。結果表明,在21條KIRC患病前后串擾關系變化值較大的串擾通路中,愛潑斯坦-巴爾病毒信號通路與ErbB信號通路患病和健康樣本串擾關系差值變化為-0.12,腎細胞癌信號通路與ErbB信號通路差值變化為-0.20,帕金森病信號通路與蛋白質在內質網中加工信號通路差值變化為-0.14,金黃色葡萄球菌感染信號通路與11條信號通路之間的串擾均發生了顯著的變化,差值變化在0.11~0.13之間。同時,分子生物學分析可驗證這些通路間串擾的顯著變化對KIRC的發生和發展具有重要影響。該方法可有效地探索已知及潛在與KIRC致病機理密切相關的失調信號傳導通路。
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