東南亞地區(qū)寨卡病毒的流行及結(jié)構(gòu)蛋白分子進(jìn)化特征分析
關(guān)鍵詞：寨卡病毒 東南亞 流行 結(jié)構(gòu)蛋白 分子特征
摘要：目的分析寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)在東南亞地區(qū)的感染傳播情況,探討其分子水平上的進(jìn)化特征。方法用關(guān)鍵詞和主題詞檢索ZIKV在東南亞地區(qū)暴發(fā)感染流行情況。在GenBank中獲取ZIKV東南亞病毒株全基因序列,采用BIOEDIT軟件進(jìn)行比對;利用MEGA 7. 0軟件繪制系統(tǒng)進(jìn)化樹;將結(jié)構(gòu)蛋白核苷酸翻譯獲得其相應(yīng)的氨基酸序列,分析突變情況;統(tǒng)計(jì)不同株型間結(jié)構(gòu)蛋白核苷酸突變和氨基酸替代位點(diǎn);預(yù)測包膜蛋白第三結(jié)構(gòu)域(envelop domainⅢ,ED-Ⅲ)的二級結(jié)構(gòu)。結(jié)果 ZIKV在東南亞國家均有血清學(xué)感染或回顧性檢測陽性報(bào)道,其中越南、泰國和新加坡ZIKV感染病例較多,疾病負(fù)擔(dān)較為嚴(yán)重。系統(tǒng)進(jìn)化樹表明,東南亞ZIKV株均屬于亞洲型,2016年新加坡株(序列號:KY241788)與2015年巴西株親緣關(guān)系最近,1966年分離的馬來西亞株與其他東南亞株親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。東南亞ZIKV各株型間衣殼蛋白(capsid protein,C)的堿基突變點(diǎn)為22處,突變率為6. 36%,造成非同義氨基酸突變點(diǎn)為19處,突變率為16. 52%。前膜蛋白(pre-membrane protein,prM)的堿基突變點(diǎn)為51處,突變率為10. 12%,造成非同義氨基酸突變點(diǎn)為37處,突變率為22. 02%。包膜蛋白(envelope protein,E)的堿基突變點(diǎn)為141處,突變率為9. 33%,造成非同義氨基酸突變點(diǎn)為101處,突變率為20. 04%。ED-Ⅲ二級結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果顯示,在該區(qū)域2株代表株有相同數(shù)量的蛋白結(jié)合位點(diǎn),代表株2(1966 Malaysia KX377336)存在1個(gè)蛋白結(jié)合位點(diǎn)富集區(qū)(ED-Ⅲ:55-63),而代表株1(2014 Thailand KU681081)蛋白結(jié)合位點(diǎn)分布較均勻,代表株2的ED-Ⅲ存在1個(gè)二硫鍵,而代表株1不存在,代表株1(ED-Ⅲ:79-80)存在1個(gè)解螺旋,而代表株2不存在。結(jié)論通過病例統(tǒng)計(jì)分析、系統(tǒng)發(fā)育分析、蛋白質(zhì)核苷酸及氨基酸序列比較分析、ED-Ⅲ二級結(jié)構(gòu)預(yù)測,為研究東南亞地區(qū)ZIKV不同株型間的生物學(xué)和流行致病性差異提供參考。
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